Туземцы в северном Илокосе были недовольны монополиями на табак и вина и восстали; но алькальд-майор провинции отправился к ним вместе с братом Агустином Педро Блакье, куратором Батао, и убедил повстанцев разойтись без кровопролития. Саррио занимал должность губернатора всего шесть месяцев. После смерти архиепископа Санта Хусты (15 декабря 1787 г.) он счел необходимым позволить регулярным священникам возобновить управление приходами, как показано в следующем отрывке из его письма королю, датированного неделей позже этого события, в котором он объясняет причины такого курса: «Во-первых, потому что как в светских, так и в духовных делах видна явная и общеизвестная разница между деревнями, управляемыми регулярным духовенством, и теми, которые находятся в ведении светского духовенства индейского и метисского (санглейского и китайского) происхождения; это почти единственные, посвященные попечению о душах, ибо на всех островах едва ли можно назвать шесть кураторов, которые были бы испанцами или испанскими метисами. Можно сказать, в целом, что деревни, находящиеся под руководством регулярного духовенства, имеют адекватную духовную пищу, чего нельзя утверждать о тех, которые находятся в ведении индейцев и метисов. Последние, когда получают звание священника, не лишаются тем самым той врожденной небрежности и лени, которыми природа наделила всех этих островитян; и отсюда следует, что, предаваясь праздности, азартным играм и другим [подобным] занятиям, они забрасывают учебу и начинают терять ту пригодность [к должности], которой могли обладать во время рукоположения или получения прихода. Следствием этого является то, что они становятся нерадивыми в своих проповедях и наставлении своих прихожан; эти функции они не могут выполнять компетентно не только потому, что мало привыкли к книгам, но и потому, что немногие из них глубоко изучили латинский и испанский языки, на которых писали те авторы, которыми кураторы должны пользоваться, чтобы распределять среди своих паств надлежащую пищу доктрины. Будучи [таким образом] одержимыми невежеством, неудивительно, что строгое правило резиденсии или другие обязательства, неотделимые от приходского служения, не производят на их умы большего впечатления. С другой стороны, привыкшие с детства жить в домах из бамбука или дерева, они относятся к каменным жилищам с безразличием; и этим можно объяснить тот факт, что некоторые из них бросают приходские дома, которые раньше были домами регулярного духовенства, и строят для себя отдельные жилища. Другие, даже если живут в приходских домах, мало заботятся о том, чтобы ремонтировать и содержать их в хорошем состоянии. Это было бы до некоторой степени терпимо, если бы их небрежность не распространялась также на церковное здание и украшения, которые используются в божественном богослужении; ибо замечено, что редко найдется церковь в их ведении, которая была бы достаточно чистой и ухоженной, поскольку они не делают ремонт вовремя и не направляют на эти цели никаких своих дополнительных доходов. Их они тратят на свои нужды и на свои семьи, которые неизбежно переезжают из своей родной деревни в деревню прихода и, таким образом, становятся еще более ленивыми, чем они есть по природе. Они совсем не похожи на регулярное духовенство, которое, будучи воспитанным на иных принципах и обученным чистейшим учениям нашей католической религии, обычно не имеет иной цели, кроме надлежащей заботы о своих церквях».
1 июля 1788 года проприетарный губернатор Феликс Беренгер де Маркина взял в руки бразды правления, и все вопросы, связанные с казной, вернулись в прежнее состояние. В указе от 29 марта 1789 года он распорядился, чтобы назначение глав барангаев производилось провинциальными губернаторами после того, как они будут предложены нотаблями [principalia] соответствующих деревень. В июле 1789 года правительство направило из Испании экспедицию для проведения научных наблюдений и составления планов и карт побережий Испанской Америки, Марианских и Филиппинских островов с новыми маршрутами плавания. Одним из ее членов был Антонио Пинеда, уроженец Гватемалы и испанский офицер, имевший официальное поручение изучить флору Филиппин и состояние сельского хозяйства. К сожалению, он умер там (июль 1792 г.), проводя научные наблюдения в Илокосе; ему было всего тридцать девять лет. В Малате ему был воздвигнут памятник, но он был практически разрушен разрушительным действием времени. Архиепископством Манилы с 16 октября 1789 года управлял Хуан Орбиго-и-Гальего, францисканец, ранее бывший епископом Нуэва-Касереса. В январе 1790 года Маркина составил «План реформ для управления Филиппинами», которые он считал необходимыми для процветания и прогресса островов, а также для того, чтобы можно было прекратить ежегодные денежные переводы из мексиканской казны. Он предложил укрепить Манилу и Кавите, увеличить военные силы и повысить подушный налог на китайцев, чтобы покрыть эти большие расходы на армию; а также открыть порт Манилы для всей иностранной торговли и внести различные изменения в торговлю с Акапулько. Он советовал сделать Филиппины вице-королевством, а вице-короля сделать независимым от Аудиенсии и религиозных орденов. Другими предложенными реформами были: «Формирование роты морской пехоты для укомплектования судов, отправляемых в крейсерство [против моро], и другой роты морской артиллерии для той же цели; реформа главного бухгалтерского учета путем ограничения его непомерных полномочий; установление acordado, или своего рода полиции, в провинциях, направленной скорее на запугивание и сдерживание [преступников] посредством бдительности, чем на наказание их суровостью и насилием; предоставление фиксированных и достойных окладов алькальдам-майорам и прекращение их торговли (которая поглощала все их время, с большим риском для беспристрастного поведения и правосудия); желательность отмены ненавистных монополий на игральные карты и порох; перевод туземцев с островов Батанес в Кагаян из-за жалкого состояния первых; и преимущество занятия, вместо Батанеса, острова Миндоро — который был богаче и ближе к Маниле, и [в то время] доведен до крайней нищеты из-за того, что был покинут [своими жителями] и из-за набегов моро. Колонизация различных островов каталонцами, валенсийцами и галисийцами, чтобы они могли преимущественно посвятить себя сельскому хозяйству; использование золотых россыпей, столь обильных в стране, из которых получали не менее 200 000 песо золотом в год; создание монетного двора, с помощью которого можно было бы избежать вывоза золота из страны. Увеличение числа крейсерских судов и распределение их на три дивизиона, поместив в каждый по панко, чтобы лучше бороться с пиратами; необходимость предоставления широких полномочий губернатору (который должен был осуществить все эти улучшения) без того, чтобы он был подчинен совету королевской казны, «поскольку я по опыту знаю, что противодействие, с которым я обычно там встречаюсь, продиктовано не рвением на благо королевской службы, а личными целями»; и создание еще одного секретариата, чтобы справляться с массой дел, которые были бременем для губернатора и генерал-капитана». Он также предложил объединить в один фонд доходы от табака, вина и таможенных пошлин. 2 марта 1790 года были опубликованы правила продажи вина в рамках монопольного соглашения; торговцы были объявлены освобожденными от поло и личных повинностей, должны были продавать только чистые вина, без какой-либо примеси воды, и всегда иметь запас в наличии.
Королевский указ от 14 мая 1790 года предписал, чтобы китайцы платили подушный налог в размере шести песо в год. В том же году были сформированы полки Пампанги, Замбалеса и Батаана, чтобы увеличить дисциплинированное ополчение провинций. В июле губернатор получил письмо от короля Кохинхины с просьбой оказать помощь двум его кораблям, находившимся тогда в Кантоне, по их прибытии в Манилу деньгами для проведения необходимых ремонтных работ и покупки количества серы за счет короля; это было сделано и впоследствии одобрено испанским правительством. В октябре приходы Илокоса, которые ранее находились в ведении доминиканцев и оставались вакантными со времени попытки Санта Хусты обеспечить епархиальную визитацию, были переданы в руки августинцев с условием, что королевское право патроната должно соблюдаться при назначениях на эти новые министерства. Смерть Карла III произошла 14 декабря 1788 года, но официальное уведомление (отправленное две недели спустя) достигло Манилы только в июле 1790 года. В следующем ноябре торжественное провозглашение восшествия на престол Карла IV и присяги на верность ему были отпразднованы в Маниле фиестами, которые длились с третьего по двадцать первое число того же месяца. Описание этих празднеств было опубликовано (1791 г.) доминиканцем братом Мануэлем Барриосом, лектором университета Санто-Томас, из которого Монтеро-и-Видаль щедро цитирует (стр. 329–338). Они включали, помимо великолепного и торжественного характера самих церемоний, «всеобщую иллюминацию города в течение трех ночей подряд, понтификальную мессу и Te Deum в соборе, приемы во дворце, танцы в зданиях кабильдо, маскарады, банкеты, фейерверки, комедии и даже корриду». Филиппинские туземцы и китайцы также внесли свой вклад в празднества устройствами или развлечениями, свойственными их обычаям. Так говорит Барриос: «Следует понимать, что вкус китайцев в вопросах зрелищ и общественных развлечений основан на идеях, которые очень отличаются от наших или, скорее, совершенно противоположны им. В доказательство этого достаточно зрелища, которое они представили в эту ночь, первое появление которого могло бы поразить любого европейца, который не видел заранее какого-либо развлечения этого народа. Лев, извергающий огонь, более ужасный, чем те, что растут в пустынях Заары [т.е. Сахары], сопровождался огромным змеем длиной более пятидесяти локтей, который совершал необычайные движения и изгибы из-за того, что проглотил огненный шар, который плавал перед ним в воздухе; а за змеем следовал другой лев, не менее свирепый, чем первый. Это зрелище стало еще более ужасным из-за сбивчивого шума гонгов, в которые китайцы били без остановки. Львы сражались друг с другом с величайшим рвением и упорством; а змей совершал много приятных движений и эволюций, вызывая восхищение мастерством, с которым такая огромная масса так быстро двигалась. Наконец, два льва начали раздуваться и извергли обилие фейерверков; и было бы несправедливо по отношению к китайцам, если бы я не заявил здесь, что это зрелище, хотя и было недолгим, было очень красиво оформлено. Один из львов, будучи теперь подожженным, начал бегать по площади с невероятной скоростью, что доставило большое удовольствие присутствующим. На следующий день китайцы представили комедию на Королевской улице в Бинондо, которая, начавшись в три часа дня, длилась до четырех часов следующего утра; и даже тогда они говорят, что она была короткой по сравнению с тем, к чему они привыкли. В течение следующих ночей они выходили в пригороды, и не было улицы, по которой не прошел бы огромный змей, к огромному восторгу людей, которые следовали за ним». По этому случаю королевское консульство (торговли) Манилы раздало 3000 песо в качестве милостыни бедным вдовам и сиротам, а также приданое бесприданницам. Некий Педро Галаррага проявил как изобретательность, так и щедрость; «он развлекал толпы людей и вознес к звездам имя своего августейшего государя с помощью большого аэростатического шара, который пересек залив и скрылся из виду среди облаков. Праздник был увенчан щедростью упомянутого дона Педро, который бросил людям количество монет с клеймом нового монарха; а на следующий день он также раздал их всем знатным особам». Наконец, ректор Санто-Томаса и доминиканский провинциал устроили свое собственное празднование с фейерверками, танцем во дворце, исполненным студентами этого университета, и чтением поэмы перед губернатором и всеми знатными особами Манилы, восхваляющей лояльность этого города и его жителей.
Маркина приложил много усилий для того, чтобы obras pías управлялись честно. Он приказал снести нипа-дома, которые все еще существовали в пределах стен Манилы, как являющиеся одновременно обезображиванием и опасностью для города. Во время его пребывания в должности на Филиппинах разразилась сильная эпидемия оспы; и он выделил крупные суммы приходским священникам, чтобы облегчить бедность, вызванную эпидемией. Острова год за годом разорялись моро, а военно-морские силы испанцев делали немногим больше, чем оставались в обороне; и в 1789 году Маркина написал королю, что постоянная война с моро — это «зло без лекарства». Магомет Сарпудин, преемник Али-Мудина II, был очень хитрым и лживым и, притворяясь другом испанцев, посылал пиратов ильяно против торговых судов, некоторые из которых были захвачены последователями самого Магомета. Маркина столкнулся со многими неприятностями в своем управлении из-за «классовых интересов» и неблагодарности тех, кому он помог; он подал в отставку «и вернулся в Испанию бедным и разочарованным». Король сделал его вице-королем Мексики.
Преемником Маркины стал военный офицер Рафаэль Мария де Агилар-и-Понсе де Леон; он приступил к исполнению обязанностей губернатора 1 сентября 1793 года. С самого начала он стремился пресечь набеги моро; но пришли сообщения, что англичане собираются снова напасть на Филиппины, и его первые усилия были направлены на оборону Манилы и Кавите. Он собрал отряд из 10 000 вооруженных людей, сформировав роты из испанцев и метисов, и разместил отряды в передовых батареях в окрестностях города. Он укрепил стены, снес дома, которые угрожали им, и увеличил военно-морские силы, также основав военно-морскую станцию и наблюдательный пункт на острове Коррехидор. Англичане узнали о приготовлениях Агилара к их приему и решили не приближаться к Маниле; «но они вступили в союз с холоанцами, подстрекая их к вторжению на Висаи». «План реформ» Маркины был отправлен обратно на острова, причем король просил, чтобы он был рассмотрен королевскими чиновниками там, которые должны были отправить ему отчет и свое решение о его целесообразности; «но поскольку он затрагивал такие мощные объекты на островах, как регулярные ордена, Аудиенсия, а также контролер и чиновники казны, бесполезно показывать, каким был бы отчет, отправленный [ими] в отношении плана Маркины, который во многих отношениях был чрезвычайно дальновидным». В 1794 году в Бинондо была построена верфь, независимая от верфи в Кавите, основной целью которой было строительство судов для преследования пиратов-моро; она называлась La Barraca («казарма») и была «знаменита огромными расходами, которые подозревались в строительных работах, проводившихся там». Она была поручена Хуану Непомусено Акунье, а ее директорами были по должности королевские чиновники. В день Рождества 1796 года в Кавите прибыла испанская эскадра из пяти судов под командованием офицера высокого ранга Игнасио Марии де Алавы; она была отправлена для защиты островов в случае новой войны с Великобританией — которая, действительно, была объявлена вскоре после отплытия флота, известие о чем достигло Манилы в марте 1797 года. Алава отправился со своей эскадрой 19 апреля, чтобы атаковать английский флот, который направлялся из Китая в Лондон, даже не подозревая, что мощная эскадра их врага была так близко. Но неожиданный ураган поднялся как раз перед встречей флотов и почти разрушил корабли Алавы, которые после тяжелой борьбы вернулись в Манилу со сломанными мачтами и порванным такелажем. Королевский указ от 24 сентября 1796 года предписал перенос верфи из Сан-Бласа в Калифорнии в порт Кавите, чтобы (цитируя указ) «там могла быть сформирована верфь достаточной мощности для защиты поселений в этой колонии от европейских сил и от пиратских набегов магометан, которые занимают соседние острова, и для помощи с удвоенной силой и ресурсами нашим эскадрам в Южной Америке и Азии». Во главе ее был поставлен Хуан Вильяр, компетентный и опытный конструктор с верфи в Гаване, снабженный компетентными мастерами для работы под его началом, а также «планами и спецификациями, подходящими для каждого класса судов»; и было предусмотрено немедленное строительство ланч, несущих пушки и мортиры. «Эта мера была началом арсенала Кавите». Королевские чиновники были разгневаны тем, что управление La Barraca с его возможностями для получения прибыли ими самими было отобрано у них; и они отказались выделить Вильяру оклад, на который он имел право — тот, который он получал в Гаване, и еще половину за то, что отправился в Манилу на королевскую службу. Это привело к жарким спорам между Агиларом и Алавой, которые длились полтора года, прежде чем были урегулированы, в то время как Вильяр и его подчиненные проживали в Маниле; наконец, Алава настоял на своем, и Вильяр был поставлен на свой пост в Кавите с окладом, который он должен был получать. В 1796 году были созданы гренадерские полки Лусона и Батангаса как часть провинциального дисциплинированного ополчения; также пять батальонов ополчения, а малабарская рота в Кавите была упразднена. В том же году в Маниле и во многих других провинциях Лусона ощущалось одно из величайших землетрясений, когда-либо случавшихся в архипелаге; а в октябре 1797 года еще одним бедствием стала потеря (у побережья Албая) галеона «Сан-Андрес», груженного богатым грузом для Акапулько — «из-за полного невежества его командира в морских делах»; он был купцом из Манилы, а не опытным навигатором. В 1799 году Агилар опубликовал (30 января) указ, предписывающий метод регистрации туземцев для пунктуального сбора трибутов; и другой (30 октября), запрещающий вывоз мелких серебряных монет. Правительство метрополии рекомендовало (5 августа 1799 г.) губернатору Филиппин поощрять выращивание шелковицы, корицы, перца, какао и хлопка. В том же году из Америки прибыл фрегат «Пилар» с 1 200 000 долларов для помощи островам. «В 1800 году Агилар постановил, что никакие общественные работы не должны начинаться без предварительного ведома правительства островов, чтобы избежать их строительства с вредными последствиями для туземцев, как это было обнаружено во многих местах. Также эдиктом от 19 июля того же года он запретил строительство судов, имеющих более пятнадцати локтей киля, без разрешения властей, обязав владельцев под угрозой штрафа в 200 песо соблюдать планы, которые будут предоставлены им за умеренную плату [правительственным] судостроителем доном Хосе Бланчиком». Алава и его эскадра не смогли сделать многого для пресечения набегов моро, постоянно задерживаясь в Маниле из-за угрозы нападения на этот город англичан; но этот офицер энергично организовал и упорядочил военно-морскую станцию в Кавите, совершал экскурсии в провинции, чтобы лучше ознакомиться с ресурсами и топографией острова, и защищал торговлю Филиппин с Китаем и Новой Испанией. Королевский указ от 27 сентября 1800 года предписал ему создать военно-морское бюро в Маниле, «с полными полномочиями командования и юрисдикции, предписанными в Постановлениях флота и последующих королевских указах», которое он должен был привести в рабочее состояние до своего возвращения в Испанию; его целями были «защита Филиппинских островов, улучшение строительства судов, знание гидрографии и навигации тех морей, а также управление арсеналом в Кавите»; и его первым начальником был назначен капитан Вентура Баркаистеги. Когда Алава предпринял исполнение этого поручения, Агилар отказался передать ему La Barraca, как и людей и суда каперских сил, которые были организованы ранее для наказания моро — утверждая, что этот флот имел свои собственные правила и не подпадал под действие военно-морских Постановлений; и что внутренняя оборона островов принадлежала ему как генерал-капитану в них. Алава был вынужден уступить и создал военно-морское бюро, как мог, со скудными средствами, имевшимися в его распоряжении; он также составил правила для его управления. Он покинул Манилу, чтобы вернуться в Испанию, 6 января 1803 года. В 1806 году Агилар, будучи серьезно больным, 7 августа передал свою должность губернатора королевскому лейтенанту и умер на следующий день после тринадцати лет правления; (это самый долгий срок пребывания губернатора в должности за всю историю островов).