В своем королевском указе от 2 апреля 1767 года Карл III постановил: «Я решил приказать изгнать из всех моих владений Испании, Индий и Филиппинских островов регулярных монахов Общества, как священников, так и коадъюторов или светских братьев, которые принесли первые обеты, и послушников, которые желают последовать их примеру, и чтобы все временные владения Общества в моих владениях были конфискованы». Указ, составленный в подобных выражениях, был получен в Маниле 21 мая 1768 года. Губернатор Хосе Раон сделал вид, что подчиняется указу, и назначил комиссаров для его исполнения, но он сообщил о предписаниях указа, который был секретным, иезуитам. Вследствие этого против него впоследствии были выдвинуты тяжкие обвинения.
Колледж Сан-Хосе и его поместья были захвачены и конфискованы в пользу короны. Здания колледжа были превращены в казармы. Против этой конфискации архиепископ выразил протест и подал прошение генерал-губернатору о том, чтобы в ожидании действий короля по протесту колледж был передан ему. Петиция была удовлетворена, архиепископ вступил во владение колледжем и превратил его в семинарию для образования и обучения местного духовенства. Он приказал бывшим студентам-стипендиатам уйти и поставил новую семинарию под управление отцов-пиаров [padres escolapios]. Аудиенсия Манилы выразила протест против этого действия архиепископа. Королевский ответ на их письмо гласит следующее:
«Король. Президенту и аудиторам моей королевской Аудиенсии Филиппинских островов, которая учреждена в городе Манила: В письме от 12 июля 1769 года вы сообщили мне с приложением свидетельств, что, заметив, что четыре монаха-пиара, которых нынешний достопочтенный архиепископ той митрополичьей церкви взял в свою компанию, не представили разрешения, которые они имели при себе, чтобы отправиться на те острова, и что они занимали различные посты вне ассистенции в доме упомянутого архиепископа; и ввиду того факта, что у них не было другого дома на тех островах и что среди них не было различия, которое могло бы доказать, что у них есть прелат: вы сочли целесообразным приступить к соблюдению законов в таких случаях. Вы ходатайствовали посредством политических и судебных мер о том, чтобы цель тех монахов была расследована, и амфиболические ответы вышеупомянутого архиепископа не могли успокоить вашу тревогу, а скорее увеличили ее, так что вы перешли к протестам, которые вы сделали губернатору в отношении того, что он передал королевский колледж Сан-Хосе, который находился под управлением изгнанных регулярных монахов Общества, отцу Мартину де Сан-Антонио, аббату отцов-пиаров и предполагаемому ректору семинарии архиепископа, чтобы те, кто намеревался стать рукоположенными, могли жить в нем и обучаться этике, также под руководством упомянутого отца Мартина. Вы заявили, что из ваших протестов вышеупомянутому губернатору можно было распознать вред, который проистекал из этой меры, которая была совершенно противоположна тому, что было приказано в инструкциях для изгнания вышеупомянутых регулярных монахов Общества, и противоположна праву, которое те, кто тогда жил в колледже, законно приобрели на то, чтобы оставаться в нем, так же как и те, кто должен был сменить их в будущем, без возможности сделать предлогом какое-либо нововведение из-за нехватки учителей. Ибо не было бы недостатка в светских лицах, чтобы заменить нынешних, и со временем можно было бы подготовить лиц, достойных поддерживать этот похвальный фундамент. Наконец, не имея никакой информации относительно причин, которые побудили губернатора к этому (по-видимому) странному решению, вы не смогли согласиться с ним или пропустить его, не обратив на него никакого внимания, и, исполнив лишь свой первый долг, а именно, сообщить мне о том, что вы обсуждали как целесообразное для моей королевской службы и благополучия моих вассалов, вы представили то, что произошло, чтобы после того, как я изучил дело, я мог соизволить определить, что наиболее соответствует моему королевскому удовольствию. Вышесказанное было изучено в моем Совете по делам Индий вместе с тем, что было доложено по этому поводу доном Педро Кальдероном Энрикесом, юристом в мантии упомянутого моего Совета, относительно него, предыстории дела и того, что было доложено в то же время по этому поводу с соответствующими свидетельствами бывшим губернатором и капитан-генералом тех островов доном Хосе Раоном и вышеупомянутым архиепископом в письмах с 12 марта по 29 июля вышеупомянутого 1769 года, мой фискал сделал свое заявление; и консультировался со мной по этому поводу 13 сентября прошлого года, с учетом неблагоразумия, с которым вышеупомянутый губернатор дон Хосе Раон преступил, поместив королевский колледж Сан-Хосе того города под руководство отца Мартина де Сан-Антонио, аббата пиаров, тем самым сделав необходимым для тех, кто получил свои беки, покинуть колледж и оставить их, и манеры, в которой вы противостояли вышеотмеченному расхищению как делу, противоречащему моим королевским намерениям и продукту самых тяжких ошибок и пагубных последствий, как это показано в факте, что вышеупомянутый колледж был основан с целью преподавания в нем грамматики, философии и теологии детям главных испанских лиц и подданных того города. В нем было создано двадцать бек для такого же количества студентов-стипендиатов, и преподавание тех же самых и их руководство были даны изгнанным регулярным монахам Общества. Король, мой отец, соизволил принять его под свою суверенную защиту 3 мая 1722 года и украсить его титулом «Королевского ad honorem» при условии, что он не должен иметь других патронов, и под явным условием, что он никогда не должен иметь таковых или быть способным вызвать какое-либо бремя или затруднение для моей королевской казны. Вышеупомянутый орден Общества не имел в нем иного права, кроме вышеупомянутого руководства и управления. Следовательно, поскольку королевский указ от 9 июля 1669 года, который был вставлен в указ от 5 апреля вышеупомянутого 1770 года, посредством которого сбор мер в отношении захвата имущества упомянутых изгнанных регулярных монахов был отправлен в те мои владения Америки, приказывал, чтобы не было никаких нововведений в колледжах или светских домах, чье руководство и обучение были доверены им, как это доказано разделом тридцать первого указа, студенты-стипендиаты колледжа Сан-Хосе не могли быть лишены своих бек, чтобы изгнать их из колледжа, и Тридентская семинария не могла быть перенесена в вышеупомянутый дом без прямого нарушения приказов вышеупомянутых указов. К вышесказанному добавляется, что вышеупомянутые четыре монаха-пиара отправились на те острова без иной цели, кроме как действовать в качестве сопровождающих вышеупомянутого архиепископа, откуда выводится справедливый мотив, который вы имели, советуя упомянутому прелату держать их в своей компании; выражая удивление, что одному из них должно быть доверено руководство вышеупомянутым королевским колледжем Сан-Хосе; советуя губернатору дону Хосе Раону о незаконности вышеупомянутого акта и о фатальных результатах, которые были сопутствующими изгнанию тех, кто получил свои беки; и решая, что мой королевский разум должен быть проинформирован относительно вышеупомянутых мер, чтобы я мог соизволить принять те меры, которые покажутся мне наиболее желательными для их исправления. Следовательно, не только в ваших операциях не найдено ни малейшего мотива, который оправдывает жалобу, которую вышеупомянутый архиепископ выдвинул в своем упомянутом письме, но, напротив, следует отметить, что вы не сделали ничего другого в том, что вы совершили, кроме как подчиниться мандатам законов. Упомянутый губернатор и вышеупомянутый прелат, не будучи в состоянии игнорировать факт существования вышеупомянутого колледжа и торжественность, с которой он был основан, стало очень достойным внимания, что в своих отчетах они молчали относительно этого основания, как похвального, так и сделанного вышеупомянутым королем, моим отцом, и с его королевским именем, и преступили, основав новый колледж-семинарию с индейскими студентами-стипендиатами без полномочий или обязательства делать это. Это еще более усугубляется фактом расхищения у испанских студентов-стипендиатов их владения упомянутым колледжем Сан-Хосе путем возведения в нем того, что они называют семинарией для индейцев, поскольку для них и для метисов-санглеев есть вышеупомянутый колледж Сан-Хуан-де-Летран, а соборная семинария была уже основана. Таким насильственным расхищением были не только оскорблены студенты-стипендиаты, но и разъярены жители того города, так что с такими актами деспотизма они ненавидят жить там, и острова обезлюдевают от испанцев, как это происходит. При этих обстоятельствах и поскольку вышеупомянутый колледж Сан-Хосе не имеет ничего общего с изгнанными регулярными монахами, так как последние имели только администрацию и руководство колледжем, и это прекратилось с их изгнанием, вышеупомянутый губернатор должен назначить светское лицо добрых нравов из тех, кто был студентом-стипендиатом в упомянутом колледже, так как таковой будет уже проинструктирован относительно его управления, в качестве ректора и администратора, с обязательством представления ежегодного отчета. Он не должен позволять архиепископу вмешиваться во что-либо, относящееся к упомянутому колледжу, так как он находится под моей королевской защитой и, следовательно, полностью независим от церковного ординария, как и другие благочестивые фонды, упомянутые Тридентским собором. Губернатор не должен позволять архиепископу вмешиваться во что-либо, касающееся семинарии, так как там также есть королевское основание, а именно Сан-Фелипе, которое, по-видимому, было включено после вышеупомянутого Сан-Хосе; и хорошие отношения, которые губернатор утверждает, что имеет с архиепископом, не могут служить для освобождения первого от вины, ибо он должен иметь хорошие отношения с ним в подходящих пределах, а не с полным отказом от прав, которые доверены ему. Я решил, в силу того, что противоречит моим королевским намерениям, как это вышеупомянутое расхищение и изгнание, не обращать никакого внимания на жалобу упомянутого прелата; одобрить все, что вы сделали в обсуждаемом вопросе; приказать и повелеть настоящему губернатору и капитан-генералу тех островов и поручить упомянутому архиепископу (как это делается депешами этой даты), чтобы они в будущем оставили вещи в том состоянии и положении, в котором они существовали до того, как были сделаны вышеупомянутые нововведения, и что студенты-стипендиаты должны идти учиться в университет Санто-Томас того города; и проинформировать вас об этом (как я и делаю) для вашего сведения. Такова моя воля. Дано в Эль-Пардо, 21 марта 1771 года».
Я, Король
«По приказу нашего короля:
Педро Гарсия Майораль»
Королевский указ, отправленный архиепископу той же даты, составлен в выражениях, подобных вышеупомянутому указу, и не одобряет действие архиепископа в отношении создания церковной семинарии из колледжа Сан-Хосе. Указ в своих вводных пунктах отмечает, что архиепископ отправил королю различные документы и отчеты со своим письмом от 12 марта 1769 года, в которых изложено то, что было сделано в отношении колледжа Сан-Хосе, и занятия четырех пиаров, которые сопровождали архиепископа на Филиппины.
В 1777 году доктор Игнасио де Саласар, магистрал манильского собора, был выбран ректором и администратором колледжа. С той даты до 1879 года должность ректора и администратора колледжа всегда подтверждалась генерал-губернаторами декану или другому сановнику манильского собора. Отчеты об управлении колледжем должны были представляться каждые три года или ежегодно. Управление колледжем не было успешным, и администрация имущества была небрежной и, возможно, коррумпированной в течение некоторых лет. Сфера среднего образования, которую он пытался заполнить, стала заниматься более новыми и успешными учреждениями, такими как Атенео Мунисипаль и колледж Сан-Хуан-де-Летран.
Из книг университета Санто-Томас следует, что через несколько лет после изгнания иезуитов, если не сразу, обучение философии и естественным наукам было возобновлено, и что для этой цели были назначены два профессора, и что в 1795 году правительство островов рекомендовало отмену такого обучения, направив доходы от него на оплату сборов институтов и юридических курсов, каковая рекомендация не была выполнена из-за неблагоприятного отчета факультета университета. До 1866 года преподавались только грамматика и философия, и ученики должны были сдать экзамен в университете Санто-Томас перед двумя профессорами, назначенными для этой цели, чтобы легализовать свои курсы. В этот период были установлены первые четыре года среднего образования.
Между 1860 и 1870 годами вопрос о преобразовании колледжа в профессиональную школу какого-либо рода — искусств, сельского хозяйства или медицины — широко обсуждался, в частности, его преобразование в школу медицины и фармации. Наконец, в 1867 году совет, состоящий из ректоров университета, Атенео Мунисипаль и колледжа Сан-Хосе, а также по одному представителю от профессий медицины и фармации, был созван по королевскому приказу и наделен обязанностью выяснить происхождение и цель колледжа Сан-Хосе, его доходы и благочестивые обязательства, а также наилучший способ установки в нем классов медицины и фармации. Отчет комитета был в том смысле, что такие исследования могут быть допущены. Ректор и администратор колледжа в 1869 году был того же мнения, и ректор университета Санто-Томас также считал такую вещь законной. 6 ноября 1870 года испанское правительство приняло указы, касающиеся образования на Филиппинах, известные как указы Морета, посредством которых была предпринята попытка секуляризировать большинство учебных заведений. Среди других положений в этих указах было одно, предписывающее, чтобы колледж Сан-Хосе, колледж Сан-Хуан-де-Летран и Атенео Мунисипаль, а также военно-морская академия и академия рисования и живописи были объединены в одну академию для среднего и полностью светского образования, которая будет известна как Филиппинский институт, подчиняющийся конечному контролю Высшего совета по образованию, который был гражданским и светским по своему характеру. Эти указы никогда не исполнялись, так как им энергично противостояли те, кто руководил вышеупомянутыми учреждениями.
В 1875 году королевское положение учредило факультет медицины и фармации в колледже. Этот указ, изданный 29 октября 1875 года, реорганизовал университет Санто-Томас. Статья 2 указа предписывала, «что в этом университете должны быть даны необходимые исследования для следующего: юриспруденция, каноническое право, медицина, фармация и нотариат»; а статья 12 — что «отрасли медицины и фармации, хотя и составляющие неотъемлемую часть университета, должны преподаваться в колледже Сан-Хосе, чьи доходы, за вычетом сумм на благочестивые обязательства, будут посвящены расходам этих отраслей. Пять шестых части сборов от регистрации этих предметов и половина сборов за степени, титулы и сертификаты учеников также будут принадлежать упомянутому колледжу. Остальное будет принадлежать общим расходам университета». Губернатор должен был назначить директора по рекомендации ректора для колледжа, и он должен был отвечать за доходы. 5 сентября 1877 года комиссия, назначенная для рассмотрения различных вопросов колледжа Сан-Хосе, рекомендовала, чтобы университет Санто-Томас принял немедленное управление всем имуществом колледжа и чтобы были составлены правила для управления им. 28 сентября того же года генерал-губернатор постановил, что административная комиссия, состоящая из ректора университета и профессора фармации, должна принять управление колледжем, и им была дана полная власть для осуществления реорганизации колледжа, декретированной в 1875 году. Отчет комиссии, представленный 26 июля 1878 года, рекомендовал, чтобы должность директора-администратора была сделана двумя отдельными должностями, должность директора должна была заполняться ректором университета Санто-Томас как директором ex-officio, а администратор должен был назначаться генерал-губернатором по рекомендации ректора университета из трех имен, которые должны быть взяты из профессий медицины и фармации. Этот отчет был одобрен 1 августа указом генерал-губернатора, который, в свою очередь, был одобрен королевским приказом от 24 марта 1880 года. Указ от 1 августа 1878 года поручил ректору университета подготовить правила относительно контроля и управления колледжем; и кажется, что такие правила были изданы генерал-губернатором 15 октября 1879 года, раздел 2 которых дает ректору университета как директору ex-officio контроль над имуществом и финансами колледжа. Говорят, что статьи 6–10 указа 1875 года, которые предписывали, чтобы конкурсные экзамены проводились либо в Маниле, либо в Мадриде для заполнения вакантных профессорских должностей, не соблюдались, так как такие вакансии заполнялись генерал-губернатором по рекомендации ректора. Управление имуществом колледжа велось отдельно от имущества университета, хотя счета находились под одним и тем же руководством ректора университета. Стипендии или стипендии колледжа, прежде в количестве двадцати, были сокращены после 1875 года до трех и переведены в другое учреждение. Доход в обычное время составлял около двадцати тысяч песо, фонд, по-видимому, составлял около полумиллиона в золоте.
С подписанием Парижского договора 10 декабря 1898 года американское правительство оказалось лицом к лицу с деликатной и трудной проблемой, а именно с урегулированием имущества монахов. Из этой проблемы вопрос об окончательном распоряжении колледжем Сан-Хосе был должным образом частью, поскольку он находился под руководством доминиканского университета Санто-Томас, став, как мы видели выше, медицинским и фармацевтическим придатком университета. Вопрос, который нужно было решить в этом случае, сузился до того, был ли колледж Сан-Хосе прежде всего государственным или церковным благочестивым фондом [obra pia], и, следовательно, мог ли он законно управляться правительством или Церковью. В 1899 году генерал Отис запретил ректору университета Санто-Томас продолжать содержать школу медицины и фармации в зданиях колледжа Сан-Хосе и использовать его имя и доход для этой цели — приказ, сделанный по настоянию президента и директоров Филиппинской медицинской ассоциации. Вскоре после их прибытия комиссары были проконсультированы генералом Макартуром относительно правильного курса, который ему следует предпринять по петиции ректора университета, просящего его отменить приказ. Поскольку вопрос включал вопрос контроля над церковным имуществом, комиссия сочла своим долгом расследовать его и довести до законного урегулирования.