В книге «Натурализм и религия» Рудольф Отто исследует глубокий конфликт между религиозным миропониманием и натуралистической картиной мира, сформированной успехами естественных наук. Автор ставит своей целью не просто защитить религию, а определить границы научного познания и показать, что научный натурализм, претендующий на исчерпывающее объяснение реальности, на деле оставляет нетронутыми фундаментальные вопросы бытия. Отто анализирует основные принципы натурализма, включая дарвинизм и механистическую теорию жизни, утверждая, что они являются лишь методологическими инструментами, а не окончательной истиной о природе вещей. Он подчеркивает, что религия не должна пытаться доказывать свое существование через научные данные, так как ее истоки лежат в глубинах человеческого духа, в чувстве зависимости и соприкосновения с тайной.
Автор последовательно критикует попытки свести духовную жизнь к биологическим или физико-химическим процессам, настаивая на автономии и несводимости духа к материи. В работе рассматриваются такие темы, как теория происхождения видов, проблема телеологии (целесообразности) в природе, автономия и свобода духа, а также вопрос об отношении мира и Бога. Отто приходит к выводу, что мир, даже будучи описанным через строгие законы причинности, остается загадкой, указывающей на нечто трансцендентное. Книга представляет собой глубокое философское исследование, направленное на примирение научного поиска с религиозным опытом, где наука отвечает за описание механизмов, а религия — за постижение смысла и глубинной реальности бытия.